Avrupa ve Türkiye’de yalnızca sınırlı bölgelerde görülen balık baykuşu, ülkemizde en çok Mersin kıyılarındaki vadilerde yaşıyor. Ancak bu tür, özellikle son yıllarda ciddi tehditlerle karşı karşıya. Maden ocakları, yaşlı ağaçların kesimi ve yerel inançlara bağlı zararlar balık baykuşunun neslini tehlikeye atıyor. Ayrıca temiz akarsulara yakın bölgelerdeki doğal yaşam alanlarının hidroelektrik santraller gibi projelerle tahrip edilmesi de türün geleceğini belirsizliğe sürüklüyor.